В конце ХIХ века командование военно-морского флота и высшее руководство России пришли к выводу о необходимости создания в составе российского флота нового класса кораблей, способных наносить удары по кораблям противника из подводного положения. Такие корабли были названы миноносцами, или полуподводными судами. Настоящее название – подводная лодка – было установлено только в 1906 г. и сохранилось до нашего времени.
22 декабря 1900 г. по старому стилю (4 января 1901 г. по новому стилю) Морское министерство согласно принятому решению о проектировании и постройке "полуподводных судов" пригласило приступить к разработке проекта боевой подводной лодки для ВМФ России трех офицеров: старшего помощника судостроителя И.Г.Бубнова, лейтенанта М.Н.Беклемишева и лейтенанта И.С.Горюнова. Проект был представлен на утверждение 3 мая 1901 г. В июле того же года проект был утвержден и Балтийскому заводу был выдан наряд на постройку "миноносца № 113". И.Г.Бубнов был назначен руководителем Строительной комиссии по постройке подводной лодки на Балтийском заводе. Именно эта строительная комиссия после ряда преобразований и переименований получила свое современное название АО "Центральное конструкторское бюро морcкой техники "Рубин".
Разработан и утвержден Морским министерством проект первой боевой подводной лодки Военно-морского флота России "Дельфин" (“Миноносец № 113”). Постройка и испытания подводной лодки были успешно завершены в 1903 г.
Успешное окончание испытаний ПЛ "Дельфин" позволило приступить к созданию новых, более совершенных типов подводных лодок. До 1918 года в состав российского флота были введены 73 подводные лодки, еще 4 остались недостроенными. Из них 32 были построены по проектам И.Г.Бубнова, ставшего к 1918 году генерал-майором корпуса корабельных инженеров, заслуженным профессором Николаевской морской академии. К 1906г. Строительная комиссия была преобразованна в Отдел подводного плавания Балтийского завода (Подпла) в составе:
Первым начальником Отдела подводного плавания был назначен И.Г.Бубнов, руководивший отделом до 1912 года. Затем на этом посту трудились Г.Г.Бубнов, В.Т.Струнников, К.И.Руберовский, Б.М.Малинин.
Разработан и утвержден Морским министерством проект подводной лодки типа "Касатка". Строительство было поручено Балтийскому заводу. В 1904 г. ПЛ была спущена на воду. Всего было построено 6 ПЛ этого типа, две из которых – "Макрель" и "Окунь" - в процессе постройки были переоборудованы в подводные лодки с полным электродвижением.
Разработан проект подводной лодки "Минога". Закладка ПЛ была произведена в 1906 г. на Балтийском заводе, испытания были закончены в 1909 г. На подводной лодке "Минога" были впервые установлены двигатели Дизеля, резко повысившие пожаробезопасность по сравнению с предыдущими подводными лодками, на которых устанавливались бензиномоторы.
Разработан проект подводной лодки "Акула". Постройка ПЛ была начата в 1906 году, испытания закончены в 1909 г.
Разработан проект подводной лодки типа "Морж". Испытания ПЛ были закончены в 1915 г. Всего было построено 3 ПЛ этого типа, одна из которых - "Тюлень" - стала наиболее результативной среди подводных лодок Черноморского флота во время Первой Мировой войны.
Разработан проект подводной лодки типа "Барс". Строительство ПЛ было начато в 1913 г. на Балтийском заводе в Санкт-Петербурге и на верфи АО “Ноблесснер” в Ревеле (Таллинне). Всего было построено 20 ПЛ, еще 4 остались недостроенными. Подводные лодки типа “Барс” были самыми большими ПЛ предреволюционного периода.
Подводная лодка этого типа "Волк" во время Первой мировой войны добилась наибольших успехов. Строителем этой подводной лодки стал выпускник Санкт-Петербургского политехнического института Б.М.Малинин, будущий главный конструктор большинства советских подводных лодок, проектировавшихся в период с 1926 по 1940 годы.
Разработан проект подводной лодки "Генерал-майор Бубнов". Предполагалось строительство 24 подводных лодок этого типа, но в январе 1918 г. Советом народных комиссаров строительство военных кораблей было прекращено.
Бывший ранее в составе Морского министерства Балтийский завод был национализирован и вместе с отделом Подпла и его техническим бюро переведен в подчинение гражданским структурам Высшего Совета Народного хозяйства (ВСНХ). Проектирование новых подводных лодок велось либо в порядке личной инициативы инженеров отдела подводного плавания, либо в секции подводного плавания научно-технического комитета Наркомвоенмора с привлечением тех же инженеров Балтийского завода.
Из-за отсутствия заказов на строительство подводных лодок функции отдела подводного плавания возлагались на Техническое бюро главного инженера-механика Балтийского завода.