1985 г.
Разработан технический проект переоборудования ракетного подводного крейсера стратегического назначения проекта 667А по проекту 09780 ("Аксон-2") (главный конструктор – О.Я. Марголин, с 1987 - Е.А.Горигледжан) для морской отработки гидроакустических комплексов для ПЛ нового поколения. В последующем по предложению ЦКБ МТ “Рубин” с целью сокращения финансовых затрат и сроков переоборудования было решено переоборудовать по проекту 09780 подводную лодку проекта 667АК (“Аксон-1”) после завершения на ней программы испытаний. Корректированный технический пр. 09780 применительно к этой ПЛ был разработан в 1988 г. Объем переоборудования по проекту 09780 был существенно больше, чем по проекту 667АК, что было связано не только со значительным увеличением габаритов антенных устройств и объема аппаратуры, но и с гораздо более жесткими требованиями, предъявляемыми комплексом к уровням помех, электропитанию и охлаждению. В процессе переоборудования были решен ряд принципиально новых технических и технологических вопросов, имевших важное значение как для создания экспериментальной ПЛ, так и для постройки серийных кораблей нового поколения. В августе 1995 г. работы по переоборудованию и ремонту ПЛ были завершены. После успешного завершения швартовных, заводских ходовых и государственных испытаний в 1996 г. она была принята в состав ВМФ.
1989 г.
В связи с расширением номенклатуры выполняемых работ предприятию присвоено новое наименование - "Центральное конструкторское бюро морской техники "Рубин" (ЦКБ МТ “Рубин”).
По разработанному ЦКБ МТ “Рубин” проекту построена первая российская экскурсионная ПЛ “Нептун”
1997 г.
По разработанному ЦКБ МТ “Рубин” проекту построена экскурсионная ПЛ “Садко”
1999 г.
ЦКБ МТ “Рубин” переименовано в Федеральное государственное унитарное предприятие “Центральное конструкторское бюро морской техники “Рубин” (ФГУП “ЦКБ МТ “Рубин”).
Осуществлен первый коммерческий запуск с плавучего космодрома в рамках международного проекта “Морской старт”. ЦКБ МТ “Рубин” участвовало в создании сборочно-командного судна и стартовой платформы для осуществления запусков космических ракет. Участие предприятия в проекте состояло в обеспечении возможности применения в морских условиях оборудования, ранее использовавшегося только при запусках ракет космического назначения с наземных космодромов.
2001 г.
Международным российско-голландским консорциумом завершена не имевшая аналогов в мировой практике операция по подъему затонувшего атомного подводного крейсера “Курск” проекта 949А. Общее руководство разработкой проекта подъема АПЛ осуществлялось ЦКБ МТ “Рубин”.
2002 г.
По разработанному ФГУП “ЦКБ МТ “Рубин” проекту построен первый российский высокоскоростной электропоезд "Сокол" (главный конструктор - А.С. Арсентьев).
.
2007 г.
Генеральным директором ФГУП “ЦКБ МТ “Рубин” назначен В.А. Здорнов, руководивший организацией до 2009 года.
2008 г.
ФГУП “ЦКБ МТ “Рубин” преобразовано в Открытое акционерное общество "Центральное конструкторское бюро морской техники “Рубин” (ОАО “ЦКБ МТ “Рубин”).
2009 г.
Решением внеочередного общего собрания акционеров Генеральным директором ОАО "ЦКБ МТ “Рубин” избран А.А.Дьячков, руководивший организацией до 2012 года.
2010 г.
В состав ВМФ вошла головная неатомная ПЛ IV поколения "Санкт-Петербург" проекта 677 (генеральный конструктор – Ю.Н.Кормилицин, главный конструктор А.С. Арсентьев (с 2008 г.), разработанная в ЦКБ МТ "Рубин".
