21 сентября 1956 года Министерство судостроительной промышленности СССР выпустило приказ "Об обеспечении плана проектирования подводных лодок". Создание первого отечественного подводного стратегического ракетоносца и первой атомной подводной лодки с крылатыми ракетами было поручено ЦКБ-18. Эти корабли положили начало четырем поколениям "стратегов" и трем поколениям подводных лодок с крылатыми ракетами, спроектированных в "Рубине".

Конструкторам предстояло решить, как разместить на подлодке крупногабаритное оружие. Кроме того, корабельные атомный реактор и паротурбинная установка в то время еще осваивались и в производстве, и на флоте. Атомная энергетика потребовала новых систем и комплектующих для корабля, их должны были изготовить предприятия-поставщики в соответствии с проектом, разработанным ЦКБ-18.

Облик первого советского стратегического ракетоносца проекта 658 определили будущий академик, начальник "Рубина" Игорь Дмитриевич Спасский и будущий генеральный конструктор трех поколений ракетных подводных крейсеров стратегического назначения Сергей Никитич Ковалев. Ракетный комплекс разработало СКБ-385 (ныне АО "ГРЦ им. академика В.П.Макеева").

Головной корабль был создан в рекордные сроки: конструкторское бюро приступило к работе в 1956 году, и уже в 1960 году головная подводная лодка вступила в строй Военно-морского флота СССР. Изначально это был корабль с надводным стартом ракет, но в 1963 году он был модернизирован с вооружением баллистическими ракетами с подводным стартом (проект 658М). Впервые в практике мирового кораблестроения часть лодок получила противогидролокационное покрытие наружной обшивки корпуса, выполненное из специальной резины: оно затрудняло слежение за кораблем гидроакустических станций противника.

Проектирование атомной подводной лодки с крылатыми ракетами (проект 659) также был реализовано в сжатые сроки: головной корабль вошел в состав ВМФ СССР в 1961 году. Создателем проекта 659 и последующих двух поколений подводных лодок с крылатыми ракетами, включая проект 949 "Гранит", стал Павел Петрович Пустынцев, начальник конструкторского бюро "Рубин" с 1951 по 1974 годы. Вместе с конструктором ракетной техники, руководителем ОКБ №51 (ныне АО "НПО машиностроения") Владимиром Николаевичем Челомеем он обосновал и реализовал идею корабля-носителя, вооруженного ракетами с раскрытием крыла в полете. Концепция, предложенная Владимиром Челомеем, значительно упростила и ускорила процесс запуска ракеты и дала возможность, сохранив водоизмещение, в несколько раз увеличить боекомплект подводной лодки.

По проекту 658 было построено 8 стратегических ракетоносцев на заводе "Севмаш" в Северодвинске. Опыт, полученный при проектировании, строительстве и эксплуатации, позволил создать второе поколение "стратегов": проект 667, в том числе 34 ракетоносца проекта 667А.

По проекту 659 построили 5 кораблей на заводе имени Ленинского Комсомола в Комсомольске-на-Амуре. На смену им пришли подводные лодки проекта 675, вооруженные более совершенным ракетным комплексом. На корабле проекта 675 впервые в мире была реализована возможность залповой ракетной стрельбы с избирательным поражением кораблей противника.

В целом за 65 лет работы конструкторского бюро по атомной тематике в состав Военно-морского флота СССР и России вошли 143 атомные подводные лодки, спроектированные "Рубином".